Mengikuti upaya heroik raja agensi kripto-zoologi saat anggotanya berhadapan dengan sekumpulan monster seukuran dewa, termasuk godzilla perkasa, yang bertabrakan dengan mothra, rodan, dan musuh bebuyutannya, raja berkepala tiga ghidorah. Ketika spesies-spesies super kuno ini, yang dianggap hanya mitos belaka, bangkit kembali, mereka semua bersaing untuk mendapatkan supremasi, sehingga keberadaan umat manusia berada dalam bahaya.
